两者的化学成分也不同,碧玺是一种复杂的硅酸盐,水晶是一种无色透明的大型石英结晶体矿物。
水晶的主要化学成份是二氧化硅,当二氧化硅结晶完美时就是水晶;二氧化硅胶化脱水后就是玛瑙;二氧化硅含水的胶体凝固后就成为蛋白石;二氧化硅晶粒小于几微米时,就组成玉髓、燧石、次生石英岩。
由于碧玺的化学成分复杂,目前还没有合成碧玺的出现。而合成的水晶饰品则遍布很多市场。1768年,瑞典著名科学家林内斯发现了碧玺受热具有压电性和热电性,因而矿物学名称为“电气石”。水晶则没有这种效应。碧玺的颜色也比水晶丰富许多,细分多达15种复色之多。碧玺的硬度也高于水晶,另外碧玺的磁场是同色系水晶的几十倍至上百倍。