每一种水晶宝石都是经过亿万年的粹炼才形成的，它们是吸收大地精华的能源石，又称风水石，近年来随着水晶的流行，市场上出现不少合成水晶冒充天然水晶，所以在鉴别时需特别注意。
1、颜色
合成水晶是在人工提供的相对稳定的条件下形成的晶体，因此其批量样品表现出过多的统一性，无色合成水晶可有统一的高透明度，而彩色合成水晶则表现出均匀、统一的颜色，有时受着色剂浓度的影响，颜色可有过深、过浅现象，而且颜色呆板、发假。如合成紫晶可有均匀的深紫色，同时带有蓝色色调；而天然紫晶一般都有颜色深浅不均的现象，而且颜色柔美、真实。
2、种晶
合成水晶中可见种晶板。种晶板即从天然水晶上切下呈板状晶体作为种晶，故称为“种晶板”。种晶板有无色、彩色两种。种晶板与后期生长晶体之间有清楚的界限和颜色差异。受高压釜内过饱和溶液或釜内温度波动的影响，一些杂质或自发形成的微晶粒落在种晶板的晶面上或有缺陷的部位，形成微小的花絮状双晶，在显微观察中双晶表面为灰白色雾状。种晶板的附近还常出现十分细小的应力裂纹，裂隙面呈弯折状，与种晶板成一定夹角排列。
3、包裹体特征
包裹体又称为宝石矿物的内含物。水晶包裹体品种繁多，可谓是“一个奇妙的矿物世界，丰富多彩的矿物博物馆”。所以在鉴别水晶时，关键是看水晶的包裹体。在合成水晶中主要出现的是锥辉石，或石英的微晶核，呈面包渣状。它们可能来源于那些未溶解的原料，当合成水晶生长条件较稳定时，“面包渣”就十分稀少，当生长条件不稳定时，特别是在合成水晶生长阶段发生中断时，在平行于种晶板的一些平面内“面包渣”大量出现，犹如“桌面灰尘”，一层甚至两、三层贯穿于整个晶体中。初学者常把这些“面包渣”或“桌面灰尘”当成天然水晶的证据。如果在高倍显微镜下仔细观察，天然水晶的“面包渣”多为细小的气液两相包裹体，而合成水晶的“面包渣”则为均一细小雏晶。
4、色带
合成紫晶与合成黄水晶中可出现色带，但仅出现一组色带，色带平行于种晶板。所谓色带是指晶体内具有条带状颜色。合成紫晶的色带平行于菱面体方向，合成黄水晶是垂直于晶体光轴的平行色带。
5、双晶
双晶是两个或两个以上的同种晶体按一定的对称规律形成的规则连生在一起。天然水晶中常出现巴西律聚片双晶，双晶可以贯穿整个晶体，也可能仅表现在晶体的局部。在天然水晶中非双晶区域可显示牛眼干涉图，而在双晶区域可显示“螺旋桨”状干涉图，而合成水晶中，一般可见牛眼干涉图，而看不到“螺旋桨”干涉图。
