1、触摸法
水晶都是晶体，传热快，玻璃为非晶质，传热慢。所以手握水晶会感到冰凉入心，佩带一小会儿之后，便与体温同步；而玻璃则有温感。
2、内含物观察：
以20倍珠宝放大镜观察：水晶内常有天然融入的气液包含体、絮状物、共生矿物、冰裂、层裂等瑕疵，毫无瑕疵的晶体大多有问题。玻璃表面和内部常有漩涡状的细纹，很像将蜂蜜倒入清水里之后由于搅拌不均而产生的现象。另外关于气泡的问题，有一说将含有气泡的笼统列为玻璃，这是很不严谨的。首先天然水晶可能含有气泡，是在其结晶生长过程中混入的天然气液体，气泡微小细密，具有水润感，犹如石中的雾气，而且分布有致，如云如雾，具有美感（如包含物多到形成图象，则为异象水晶，如白幽灵等）。劣质玻璃确实容易含有气泡，形状和排列多不规则，感觉突兀，缺乏浑然天成的一体感。不过，从现实的角度看，用来仿冒水晶的玻璃往往制作精良。
3、断口鉴别
玻璃断口的式样大家都很熟悉，是光滑弯曲如贝壳的凹痕；而水晶是矿石，断口处能够看出石质感，而且水晶是结晶体，断面不会出现玻璃那样的痕迹。
4、工艺
愈是珍贵的宝石，打磨越发精细，例如钻石的切割，已然成为一门艺术。玻璃假宝石价格低廉，所以磨制粗糙，表面多不平滑，刻面之间的交棱不平直，孔眼不精致——尤其是这个孔眼，玻璃质脆，孔眼处容易破裂，正好可以进行断口观察。
5、光学鉴别
玻璃是不结晶的均质体，水晶是结晶的非均质体，在偏光镜下转动360度有似明似暗变化的是天然水晶，没有变化的是假水晶。另外，某些天然水晶如紫晶有二色性，假晶则没有。
6、硬度区分
水晶硬度为7，玻璃通常为5.5左右，所以水晶划刻玻璃时，水晶无痕玻璃有痕。硬度实验只针对水晶族的宝石，不要拿这个方法去鉴定非水晶族的宝贝，像蜜腊、珊瑚、砗磲、珍珠之类的有机宝石、或翡翠等玉石科的东东。
7、发丝鉴定（双折射）
发丝鉴定专门针对圆球状晶体：将水晶放在一根头发丝上，轻轻转动晶石，当转到某一方向时出现双影，即一根头发变两根，效果清晰明显，这是由天然水晶的晶体排列产生的双折射现象，假晶做不到。双影效果越明显，说明晶体质量越好，有些杂质过 多的天然水晶可能双折不明显，或出现发丝扭曲、直线变断线等现象，这样的晶石质量就差一些。
